上海市崇明区人民政府是上海市崇明区人民代表大会的执行机关，是上海市崇明区的一级国家行政机关；对上海市崇明区人民代表大会和上海市人民政府负责；在崇明区人民代表大会闭幕期间，对崇明区人民代表大会常务委员会负责并报告工作。

国家税务总局上海市税务局是上海市人民政府机构。

上海市人民政府新闻办公室是上海市人民政府办事机构。

上海市人民政府合作交流办公室是上海市人民政府机构。

上海市公安局是上海市人民政府机构。

2018年11月，党中央、国务院正式批准《上海市机构改革方案》，2018年11月11日，上海市委、市政府召开全市机构改革动员会进行动员部署。