重庆市审计局成立于1983年9月，是经市机构编制委员会办公室审核、市机构编制委员会审定、市人民政府批准，主管全市审计工作的市政府组成部门。根据《宪法》和《审计法》规定，实行双重领导体制，对市人民政府和审计署负责并报告工作，审计业务以审计署领导为主。审计管辖范围为本级人民政府各部门、下级人民政府及其各部门、市属国有金融机构和企、事业组织，以及其他按照《审计法》规定应当接受审计的事项。
重庆市审计局内设22个职能处（室）：办公室、综合处、人事处、法规处、计算机应用管理处、内部审计管理处、经济责任审计处、财政审计处、金融审计处、固定资产投资审计处、行政事业审计处、经贸审计处、农业审计处、移民审计处、社会保障审计处、外资运用审计处、工业审计处、市政建设审计处、教科文审计处、商贸审计处、资源环保审计处、交通审计处；另设机关党委和离退休人员工作处；1个下属事业单位：重庆市审计中心。