云南省审计厅是省人民政府的组成部门之一，主管全省审计业务工作，实行省人民政府和审计署双重领导体制。

云南省知识产权局是云南省人民政府主管专利工作和统筹协调知识产权工作的直属事业单位，副厅级建制，参公管理。工作归口云南省科学技术厅。

云南省国家税务局成立于1994年，机构设置、干部管理、人员编制、经费开支由国家税务总局垂直管理，属于正厅（局）级国家机关，省局机关内设25个处级机构（办公室、人事处、教育处、监察室、巡视工作办公室、机关党委办公室、机关工会、离退休干部处、货物和劳务税处、所得税处、征管和科技发展处、纳税服务处、收入规划核算处、财务管理处、督察内审处、政策法规处、大企业和国际税务管理处、稽查局、信息中心、机关服务中心、税收科学研究所、注册税务师管理中心、税务学会、云南省税务干部学校、《中国税务报》社驻云南记者站），下设16个州、市国家税务局，137个县、市、区国家税务局和215个税务分局。

1986年3月，按照省委、省政府《关于成立省委、省人民政府贫困山区工作领导小组的通知》的要求建立了机构，领导小组下设办公室在省委农村工作部。

曲靖市人民政府是云南省曲靖市的国家行政机关。

云南省水利厅负责保障水资源的合理开发利用，拟订水利战略规划和政策，起草有关地方性法规、政府规章草案，组织编制重要江河湖泊的流域综合规划、防洪规划等重大水利规划。