云南省医疗保障局，根据《中共中央办公厅、国务院办公厅关于印发〈云南省机构改革方案〉的通知》、《中共云南省委贯彻〈中共中央关于深化党和国家机构改革的决定〉的实施意见》精神，云南省医疗保障局是云南省人民政府直属机构，为副厅级。

2018年1月31日上午，云南省第十三届人民代表大会第一次会议在昆明举行第四次全体会议。

云南省市场监督管理局，根据《中共中央办公厅、国务院办公厅关于印发〈云南省机构改革方案〉的通知》、《中共云南省委贯彻〈中共中央关于深化党和国家机构改革的决定〉的实施意见》精神，云南省市场监督管理局是云南省人民政府直属机构，为正厅级，加挂云南省人民政府食品安全委员会办公室、云南省知识产权局牌子。

云南省民族宗教事务委员会是云南省政府主管民族宗教事务的政府机构。

云南省人民政府研究室（云南省人民政府发展研究中心）是云南省人民政府直属机构，正厅级。根据《中共云南省委办公厅云南省人民政府办公厅关于印发云南省人民政府机构改革实施意见业的通知》(云厅字〔2009〕2号)，设立云南省人民政府研究室，为云南省人民政府直属机构，正厅级。

云南省社会科学院（Yunnan Academy of Social Sciences）位于云南省昆明市，是云南省人民政府直属的全省唯一省级综合性哲学社会科学研究机构。