重庆市国家保密局与中共重庆市委保密委员会办公室（市委保密委员会的常设办事机构），既是指导全市各级党政机关保密工作的市委工作部门，又是市政府主管全市行政区域内保密工作的行政机构。

重庆市档案馆是重庆市人民政府直属的集中管理档案的科学文化事业机构，是集中管理重庆地区各个历史时期市级党政机关、群团组织、部分重要企事业单位需要长期和永久保存档案的重要基地，也是全市开发利用档案信息资源的中心。

按照《重庆市机构改革方案》要求，重庆组建市生态环境局。将原重庆市环境保护局的职责，以及重庆市发展和改革委员会的应对气候变化和减排职责，重庆市国土资源和房屋管理局的监督防止地下水污染职责，重庆市水利局的编制水功能区划、排污口设置管理、流域水环境保护职责，重庆市农业委员会的监督指导农业面源污染治理职责等整合，组建重庆市生态环境局，作为重庆市政府组成部门。

重庆市发展和改革委员会是综合研究拟定经济和社会发展政策，进行总量平衡，指导经济体制改革，调节区域经济的市政府组成部门。

重庆市监察委员会是由重庆市人民代表大会选举产生，并向重庆市人民代表大会常务委员会和中华人民共和国国家监察委员会负责，并接受其监督的国家监察机关。

重庆市地方金融监督管理局，是重庆市机构改革设置的新部门，作为市政府直属机构。