阿勒泰地区行政公署（简称阿勒泰地区行署），由原阿勒泰地区革命委员会于1979年3月改组成立至今，是伊犁哈萨克自治州人民政府的派出机关，原则由伊犁哈萨克自治州人民政府管辖，由新疆维吾尔自治区人民政府直接管辖。

伊犁哈萨克自治州人民政府是伊犁哈萨克自治州的地方国家行政机关，是伊犁哈萨克自治州人民代表大会的执行机关，对伊犁哈萨克自治州人民代表大会及其常务委员会和新疆维吾尔自治区人民政府负责并报告工作，每届任期五年，实行州长负责制。

新疆维吾尔自治区人民政府国有资产监督管理委员会组建于2004年10月15日，是根据自治区人民政府授权履行出资人职责的政府直属正厅级特设机构。

克拉玛依市人民政府是克拉玛依市行政管理机构。

新疆维吾尔自治区监狱管理局是全区监狱工作的领导机关，负责对全区（新疆生产建设兵团除外）判处徒刑罪犯执行惩罚和改造。

新疆维吾尔自治区扶贫开发办公室是新疆维吾尔自治区人民政府直属机构。