新疆维吾尔自治区供销合作社联合社始建于1950年，是集农副产品生产、加工、购销，农业生产资料和日用消费品供应、进出口贸易、房地产开发、仓储物流、交易市场、宾馆旅游、餐饮服务等为一体，经营网络遍布全区城乡和内地大中城市的大型经济联合体。

新疆维吾尔自治区农业农村厅，是新疆维吾尔自治区机构改革设置的新部门。

新疆维吾尔自治区监狱管理局是全区监狱工作的领导机关，负责对全区（新疆生产建设兵团除外）判处徒刑罪犯执行惩罚和改造。

根据自治州党委办公室、自治州人民政府办公室《博尔塔拉蒙古自治州人民政府职能转变和机构改革方案实施意见》（博州党办发〔2016〕39号）精神，设立博尔塔拉蒙古自治州人民政府办公室（以下简称“自治州人民政府办公室”），挂博尔塔拉蒙古自治州扶贫开发办公室牌子，为协助自治州人民政府领导同志处理自治州人民政府日常工作的机构。

新疆维吾尔自治区统计局是新疆维吾尔自治区人民政府政府直属机构。

中华人民共和国乌鲁木齐海关是国务院批准的正局级海关，是全国监管面积最大的中华人民共和国海关总署直属海关。