和田地区行政公署是和田地区的行政机关，为新疆维吾尔自治区人民政府的派出机关，驻和田市。

新疆维吾尔自治区教育厅作为自治区人民政府组成部门，主管全区教育工作。

新疆维吾尔自治区监狱管理局是全区监狱工作的领导机关，负责对全区（新疆生产建设兵团除外）判处徒刑罪犯执行惩罚和改造。

塔城地区行政公署是塔城地区的行政机关，为伊犁哈萨克自治州人民政府的派出机关，由新疆维吾尔自治区人民政府直辖，驻地塔城市。

巴音郭楞蒙古自治州人民政府是巴音郭楞蒙古自治州人民代表大会的执行机关，是巴音郭楞蒙古自治州的国家行政机关，对巴音郭楞蒙古自治州人民代表大会及其常务委员会和新疆维吾尔自治区人民政府负责并报告工作，接受中国共产党巴音郭楞蒙古自治州委员会的领导。

新疆维吾尔自治区工业和信息化厅，是2018年新疆维吾尔自治区机构改革新组建的单位。