2018年6月15日，根据《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》《国务院机构改革方案》和国家税务总局关于国税地税征管体制改革的部署要求，福建省国家税务局、地方税务局正式合并成立国家税务总局福建省税务局。

福建省农业科学院（Fujian Academy of Agricultural Sciences）成立于1960年，位于福建省福州市，是福建省人民政府下属的农业科研单位。

福建省应急管理厅，是福建省机构改革设立的新部门。

福建省医疗保障局，2018年10月，根据《福建省省级机构改革实施方案》，将省财政厅承担的城镇职工和城镇居民基本医疗保险、生育保险、新型农村合作医疗、药品和医疗服务价格管理、药品配送管理、医疗救助等职责划入省医疗保障局，作为省政府直属机构，正厅级。

福建省地方志编纂委员会成立于1984年，为省直属全额拨款正厅级事业单位，隶属福建省人民政府办公厅领导。