根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案的通知》（厅字〔2009〕7号），设立新疆维吾尔自治区民族事务委员会（宗教事务局）（以下简称自治区民族事务委员会，宗教事务局）。

新疆维吾尔自治区应急管理厅，是按照党中央、国务院批准的《新疆维吾尔自治区机构改革方案》和自治区党委、自治区人民政府制定的《关于〈新疆维吾尔自治区机构改革方案〉的实施意见》设置的新部门。

中华人民共和国乌鲁木齐海关是国务院批准的正局级海关，是全国监管面积最大的中华人民共和国海关总署直属海关。

贯彻执行国家关于建设事业（包括城市规划、村镇规划、工程建设、城市建设、村镇建设、建筑业、住宅和房地产业、勘察设计咨询业、市政公用事业等）的方针、政策和法律、法规以及发展战略和中长期规划，并指导和监督实施；对全区建设事业进行行业管理。

新疆维吾尔自治区生态环境厅，是新疆维吾尔自治区机构改革设置的新部门。

塔城地区行政公署是塔城地区的行政机关，为伊犁哈萨克自治州人民政府的派出机关，由新疆维吾尔自治区人民政府直辖，驻地塔城市。