1983年6月，北京市人民政府根据《中华人民共和国宪法》中有关国家实行审计监督的规定成立北京市审计局。 北京市审计局是北京市依法独立行使审计监督权的审计机关。北京市审计局是北京市人民政府职能部门，在市政府和审计署的双重领导下，负责北京市的审计工作。北京市审计局自成立以来，与20多个国家的审计机关和审计组织建立了联系，开展了审计工作的交流。 北京市审计局在维护首都经济秩序，促进廉政建设，保障首都经济建设等方面发挥了重要作用。
2018年11月，将北京市发改委的重大项目稽察职责，市财政局的市级预算执行情况和其他财政收支情况的监督检查职责，市政府国有资产监督管理委员会承担的国有企业领导干部经济责任审计和国有企业监事会的职责等划入市审计局。