甘肃省审计厅是省政府管理全省审计工作的职能部门，成立于1983年9月，原名甘肃省审计局，1995年5月16日更名为甘肃省审计厅。省审计厅受省政府和国家审计署的双重领导，业务以审计署管理为主，向省政府和审计署负责并报告工作。

甘肃省科学院成立于1978年元月，是甘肃省唯一的综合性自然科学研究机构，也是全国15个省级科学院之一。

2018年6月15日，根据《中共中央关于深化党和国家机构改革的决定》《国务院机构改革方案》和国家税务总局关于国税地税征管体制改革的部署要求，甘肃省国家税务局、地方税务局正式合并成立国家税务总局甘肃省税务局。

根据《中共中央办公厅国务院办公厅关于印发〈甘肃省人民政府机构改革方案〉的通知》（厅字〔2009〕16号）和《中共甘肃省委甘肃省人民政府关于印发〈甘肃省人民政府机构改革实施意见〉的通知》（省委发〔2009〕9号）精神，设立甘肃省监狱管理局，副厅级建制，由省司法厅管理。

根据《中共中央办公厅国务院办公厅关于印发〈甘肃省人民政府机构改革方案〉的通知》(厅字〔2009〕16号)《中共甘肃省委甘肃省人民政府关于印发〈甘肃省人民政府机构改革实施意见〉的通知》(省委发〔2009〕9号)和《中共中央办公厅国务院办公厅关于印发〈甘肃省机构改革方案〉的通知》(厅字〔2018〕120号)《中共甘肃省委办公厅甘肃省人民政府办公厅关于调整甘肃省人民政府外事办公室职能配置、内设机构和人员编制的通知》(甘办字〔2019〕52号)等文件精神，设立中共甘肃省委外事工作委员会办公室(与省政府外事办合署办公)、甘肃省人民政府外事办公室(为省政府组成部门，加挂甘肃省人民政府港澳事务办公室牌子)。

甘肃省退役军人事务厅，将省民政厅的退役军人优抚安置职责，省人力资源和社会保障厅的军官转业安置职责，以及军队有关职责整合，组建省退役军人事务厅，作为省政府组成部门，按中央有关改革部署实施。