根据自治州党委办公室、自治州人民政府办公室《博尔塔拉蒙古自治州人民政府职能转变和机构改革方案实施意见》（博州党办发〔2016〕39号）精神，设立博尔塔拉蒙古自治州人民政府办公室（以下简称“自治州人民政府办公室”），挂博尔塔拉蒙古自治州扶贫开发办公室牌子，为协助自治州人民政府领导同志处理自治州人民政府日常工作的机构。

根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案的通知》（厅字〔2009〕7号），设立新疆维吾尔自治区民族事务委员会（宗教事务局）（以下简称自治区民族事务委员会，宗教事务局）。

塔城地区行政公署是塔城地区的行政机关，为伊犁哈萨克自治州人民政府的派出机关，由新疆维吾尔自治区人民政府直辖，驻地塔城市。

新疆维吾尔自治区林业和草原局是新疆维吾尔自治区机构改革中新组建的政府直属机构。

克拉玛依市人民政府是克拉玛依市行政管理机构。

新疆维吾尔自治区交通运输厅是自治区人民政府主管交通运输的政府职能部门，厅机关目前内设16个处室（改革后）和8个未设党委的事业单位，下辖自治区交通建设管理局、公路管理局、道路运输管理局、路政管理局、地方海事局、交通运输工程质量监督局、公路工程造价管理局7个职能局，交通职业技术学院1个事业单位和新疆交通投资有限责任公司1个企业，主要承担全区国省干线、国边防、农村和专用公路的建、管、养、运，公路、水运的发展规划、市场监管，以及国际道路运输管理等12个方面的职能职责，所属副厅级单位3个、县（处）级单位101个、科级单位238个，行业指导15个地州市和98个县市区交通运输局。