新疆维吾尔自治区交通运输厅是自治区人民政府主管交通运输的政府职能部门，厅机关目前内设16个处室（改革后）和8个未设党委的事业单位，下辖自治区交通建设管理局、公路管理局、道路运输管理局、路政管理局、地方海事局、交通运输工程质量监督局、公路工程造价管理局7个职能局，交通职业技术学院1个事业单位和新疆交通投资有限责任公司1个企业，主要承担全区国省干线、国边防、农村和专用公路的建、管、养、运，公路、水运的发展规划、市场监管，以及国际道路运输管理等12个方面的职能职责，所属副厅级单位3个、县（处）级单位101个、科级单位238个，行业指导15个地州市和98个县市区交通运输局。