巴音郭楞蒙古自治州人民政府是巴音郭楞蒙古自治州人民代表大会的执行机关，是巴音郭楞蒙古自治州的国家行政机关，对巴音郭楞蒙古自治州人民代表大会及其常务委员会和新疆维吾尔自治区人民政府负责并报告工作，接受中国共产党巴音郭楞蒙古自治州委员会的领导。

吐鲁番人民政府是新疆吐鲁番市的行政管理机关，政府办公地址：吐鲁番市绿洲东路495号。

昌吉回族自治州人民政府是昌吉回族自治州行政机关。

哈密市人民政府是哈密市的地方国家行政机关，是哈密市人民代表大会的执行机关，对哈密市人民代表大会和新疆维吾尔自治区人民政府负责并报告工作，在哈密市人民代表大会闭幕期间，对哈密市人民代表大会常务委员会负责并报告工作，每届任期五年，实行市长负责制。

塔城地区行政公署是塔城地区的行政机关，为伊犁哈萨克自治州人民政府的派出机关，由新疆维吾尔自治区人民政府直辖，驻地塔城市。

根据自治州党委办公室、自治州人民政府办公室《博尔塔拉蒙古自治州人民政府职能转变和机构改革方案实施意见》（博州党办发〔2016〕39号）精神，设立博尔塔拉蒙古自治州人民政府办公室（以下简称“自治州人民政府办公室”），挂博尔塔拉蒙古自治州扶贫开发办公室牌子，为协助自治州人民政府领导同志处理自治州人民政府日常工作的机构。

阿勒泰地区行政公署（简称阿勒泰地区行署），由原阿勒泰地区革命委员会于1979年3月改组成立至今，是伊犁哈萨克自治州人民政府的派出机关，原则由伊犁哈萨克自治州人民政府管辖，由新疆维吾尔自治区人民政府直接管辖。

伊犁哈萨克自治州人民政府是伊犁哈萨克自治州的地方国家行政机关，是伊犁哈萨克自治州人民代表大会的执行机关，对伊犁哈萨克自治州人民代表大会及其常务委员会和新疆维吾尔自治区人民政府负责并报告工作，每届任期五年，实行州长负责制。

乌鲁木齐市人民政府是乌鲁木齐市的行政管理机关。政府办公地址：中国新疆乌鲁木齐市南湖东路30号。

新疆维吾尔自治区医疗保障局是新疆维吾尔自治区人民政府直属机构，2018年11月挂牌成立。

新疆维吾尔自治区扶贫开发办公室是新疆维吾尔自治区人民政府直属机构。

新疆维吾尔自治区地震局成立于1978年，其前身是1970年组建的新疆地震大队。自治区地震局是自治区人民政府主管地震工作的职能部门，实行中国地震局和自治区人民政府双重领导，以中国地震局领导为主的管理体制。

新疆维吾尔自治区通信管理局于2001年1月5日正式成立，实行由工业和信息化部与自治区人民政府双重领导、以工业和信息化部为主的管理体制，是在电信法律法规和工业和信息化部、自治区人民政府授权范围内，对新疆电信业实施监督管理的政府职能部门。

新疆维吾尔自治区应急管理厅，是按照党中央、国务院批准的《新疆维吾尔自治区机构改革方案》和自治区党委、自治区人民政府制定的《关于〈新疆维吾尔自治区机构改革方案〉的实施意见》设置的新部门。

新疆维吾尔自治区农牧业机械管理局是新疆维吾尔自治区人民政府主管全区农牧业机械管理工作的职能部门。

新疆维吾尔自治区地方金融监督管理局是自治区人民政府直属机构，为正厅级，对外保留自治区金融工作办公室牌子。

新疆维吾尔自治区体育局是新疆维吾尔自治区人民政府主管全区体育工作的职能部门。

新疆维吾尔自治区人民政府国有资产监督管理委员会组建于2004年10月15日，是根据自治区人民政府授权履行出资人职责的政府直属正厅级特设机构。

新疆维吾尔自治区药品监督管理局是新疆维吾尔自治区人民政府直属机构。

根据中共中央、国务院批准的《新疆维吾尔自治区机构改革方案》（厅字〔2018〕110号）和《自治区党委办公厅、自治区人民政府办公厅关于〈自治区机构改革方案〉的实施意见》（新党办发〔2018〕52号），制定本规定。

新疆维吾尔自治区气象局成立于1954年。新疆气象事业在自治区党委、自治区人民政府和中国气象局的正确领导下，走过了50年的光辉历程。

根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案的通知》（厅字〔2009〕7号），设立新疆维吾尔自治区民族事务委员会（宗教事务局）（以下简称自治区民族事务委员会，宗教事务局）。

新疆维吾尔自治区审计局是根据1982年12月4日第五届全国人民代表大会第五次会议通过的《中华人民共和国宪法》第91条的规定和《国务院关于地方各级审计机关设置和人员编制问题的通知》，经新疆维吾尔自治区人民政府批准，于1983年9月10日正式成立的。

新疆维吾尔自治区统计局是新疆维吾尔自治区人民政府政府直属机构。

根据中共中央、国务院批准的《新疆维吾尔自治区机构改革方案》(厅字[2018)110号）和自治区党委办公厅、自治区人民政府办公厅印发的《关于<新疆维吾尔自治区机构改革方案>的实施意见》（新党办发[2018]52号），制定本规定。

新疆维吾尔自治区畜牧兽医局，根据中共中央、国务院批准的《新疆维吾尔自治区机构改革方案》（厅字〔2018〕110号）和自治区党委办公厅、自治区人民政府办公厅印发的《关于〈新疆维吾尔自治区机构改革方案〉的实施意见》（新党办发〔2018〕52号），自治区畜牧兽医局是农业农村厅的部门管理机构，为副厅级。

根据中共中央办公厅、国务院办公厅《关于印发新疆维吾尔自治区人民政府机构改革方案的通知》（厅字〔2009〕7号），设立新疆维吾尔自治区司法厅（以下简称自治区司法厅），为自治区人民政府组成部门。

新疆维吾尔自治区公安厅是新疆维吾尔自治区人民政府下设主管全区公安工作的职能部门。各市设公安局，各县（市辖区）设公安局（分局）；县（市、区）公安（分）局下设公安派出所，分别接受同级人民政府和上级公安机关领导。

新疆维吾尔自治区文化和旅游厅，是按照党中央、国务院批准的《新疆维吾尔自治区机构改革方案》和自治区党委、自治区人民政府制定的《关于〈新疆维吾尔自治区机构改革方案〉的实施意见》设置的新部门。

新疆维吾尔自治区发展和改革委员会，作为新疆维吾尔自治区人民政府的组成部门，是综合研究拟订新疆维吾尔自治区经济和社会发展战略、发展规划和政策，进行总量平衡、结构调整，指导自治区总体经济体制改革工作，主管固定资产投资的宏观调控部门。